有机食用菌栽培所用原料包括主料和辅料，有木屑、棉籽皮、作物秸杆、动物粪便、玉米芯、棉籽饼、豆饼、麸皮、米糠和矿物质等。这些物料经过玉米芯粉碎机粉碎之后就可以用作食用菌的原料了。物性有机原料如农作物秸杆、玉米芯、棉籽皮、果树枝、麸皮、玉米粉等须来源于经过认证的有机农业生产企业顺耕种过程中严格遵守不使用转基因产品、化肥、农药等禁用物质。保证在整个运输贮存过程中不接触化学物质。动物性有机原料如牛粪、马粪等应来源于以有机方式饲养的动物。饲养中做到：用天然饲料或有机饲料；不选用转基因动物品种；以散养或福利的方式养殖动物。
木屑，美国、日本和欧盟都规定，有机食用菌生产所用的段木和木屑必须取自无污染的原始森林，而且保证在运输过程中不被有害物质污染。有人认为，在我们远离城市的广大林区，其段木和木屑应该视为有机原料用于有机食用菌生产。对于树木的利用，应以不影其生长和环境的可持续发展为原则。而村庄、城市、路边或田边生长的树木，不能做为有机原料用于生产。野草，实践证明，对于草腐菌和某些木腐菌，用野草为原料进行栽培可以获得较高产量。对于远离村庄和农田的高山或草原，其野草可以作为有机食用菌生产的原料。为提高某些食用菌品种的产量（主要是草腐菌），在原料中需加入少量有机肥，对于有机食用菌生产所加肥料应是有机认证机构认证的有机肥。